印度佛教前期
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阿旃陀石窟壁画中的莲花手菩萨
大乘经如《妙法莲华经》中[50]，记载了佛在世时讲大乘法会，一些声闻无法理解信受甚至中途退出。汉传还记载有印度传说称，佛灭后众弟子在王舍城外灵鹫山七叶窟结集界内外会诵经典，界内讲堂中进行的结集，名“上座部结集”，在二十馀里外进行的界外结集，名“大众部结集”，原意指此派僧人众多，后来有人将其引申为能运载无量众生到达菩提之彼岸，成就佛果。
佛教部派分裂最初起源于佛灭一百年之后，因“十事非法”之争，形成印度东部僧团与西部僧团间的严重分歧，但未决裂。后于阿育王时期，因“大天五事”，彻底公开决裂为大众部与上座部，史称根本分裂。在被誉为转轮圣王的阿育王所处的前3世纪时代，佛教迅速发展，九批比丘被派往周围各地弘法，推动佛法传播的同时，不同地区的社会人文传统及人的根性的不同，和对戒律的认识上的细小差别，导致了各个部派的进一步分裂。此后佛教在三百多年间一再分立出各种流派，如南传分派的十八部，北传分派中的二十部，并在五天竺境内外流传开来。
在学术研究中，基于对多种来源的史料所进行的分析，现在一般倾向于认为，大乘佛教教义中很重要的一个思想是众生平等，慈悲普度的理念，以反对婆罗门教森严的隔离的等级种姓制度。近代出土的阿育王石刻文等中，强调了慈悲戒杀，慈善环保，不分贵贱、种族、国家的众生平等。阿育王本人在归依佛教后，其教化行动可视为带有大乘菩萨道行者的风范，大乘教法可能在阿育王时代就已有所流行并与部派佛教教法开始分化；限于当时社会根深蒂固的婆罗门教等级思想的环境之下，大乘佛法显然不易被接受与推行。
阿育王后，上座部分出一支在西印度形成法藏部并流入中亚，法藏部传为目犍连子帝须之大弟子昙无得所领导，昙无得为阿育王派往印度西北地区弘法的高僧，该部以传承含有菩萨藏与咒藏的五藏而闻名。有一支形成了化地部，另一支饮光部有大部分同法藏部类似的思想。以西北印度为根据地，主要活动于犍陀罗和迦湿弥罗的上座部，形成了说一切有部，其宗师迦多衍尼子著《发智论》提出了“异生修道”的划时代理论创新[51]。在中西部印度发展的上座部形成犊子部，因对《发智论》中一颂的释义不同，而分裂为法上、贤胄、密林山和正量四部，以后正量部则成为犊子部的正宗代表。大约同时代，大众部在南印度形成了制多山部及西山住部等，即南传佛教所称的案达罗派。
上座部中的分别说部一支，经南印度而渡海进入僧伽罗国，其又称赤铜鍱洲，故此部派又称赤铜鍱部，后来经过分化形成了吸收大乘思想的无畏山寺派和坚持固有传统的大寺派，无畏山派一度是斯里兰卡佛教中心。大约公元3世纪末时，大寺派指责住在无畏山寺的说大空部为非佛说，并最终借助王权力量将其彻底消灭。玄奘三藏在7世纪上半叶游学印度时，除僧伽罗国无畏山寺外，在印度佛教核心区域的摩揭陀国等四国，也有并学大乘教法的上座部伽蓝，玄奘三藏称其为修学大乘上座部法。大寺派传往东南亚形成今天的南传佛教。有部份学者认为，古印度很多的部派都是大小乘兼修的，他们并不一定对自己派别大小乘教法进行限制，其下属可以修行大、小乘任何一种教法的，但他们必须遵守本部派的传统戒律。
迦湿弥罗国的说一切有部在贵霜帝国迦腻色伽一世时著《大毘婆沙论》达到鼎盛，其中提出了“佛种性”和顺解脱分理论。说一切有部中的譬喻师，不满《大毘婆沙论》中对其进行的全面批判，而分立为经量部，它的活动范围似乎未超出西北印度。在贵霜帝国时期，大乘佛教逐渐兴起，却不能说之前的就都是小乘佛教，如作为部派佛教理论权威的说一切有部，在传说为其四大论师之一世友尊者所著的《异部宗轮论》等中，都有清晰记载。
印度佛教中期
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贵霜帝国时期的佛陀及协侍菩萨雕像
随着公元前后印度社会文化程度的提高，书面经典的大量出现，客观上为大乘教法的推广与普及奠定了社会文化基础。大乘佛教的经典甚多，汉传分成五类，分别为般若门、华严门、方等门、法华门、涅槃门，称五大部。《大般若经》、《华严经》、《大方等大集经》、《大宝积经》、《法华经》、《大般涅槃经》等经典。
此时，印度马鸣菩萨、龙树等大乘菩萨纷纷出世。马鸣写了很多论著如《佛所行赞》等，大乘佛教兴盛超过了“小乘”成为了印度佛教的主流。龙树著《中论》、《大智度论》、《十二门论》、《十住毘婆沙论》等，有弟子提婆著《百论》，大乘佛教更兴，建立了般若中观学派。
其后又有印度僧人无著、世亲，依据《瑜伽师地论》创立“唯识论”，形成瑜伽行唯识学派，后有陈那、安慧、护法等十大论师及无性、法称、月官等硕学，盛极一时。中观学派则有清辨及佛护、月称等，起而复兴。
中观论和唯识论被认为是大乘佛学的两个主要理论基础，被称为空有二宗[52]，唐义净法师《南海寄归内法传》说：“所云大乘无过二种：一则中观，二乃瑜伽。中观则俗有真空体虚如幻，瑜伽则外无内有事皆唯识。”在印度南方，则有如来藏思想盛行，形成如来藏学派，后与唯识学派合流。
印度佛教晚期
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《理趣经》金刚萨埵五秘密法
佛教经论中对密意契经最早引述见于说一切有部《发智论》[53]，无著《集论》认为需要对其进行秘密抉择[54]。在笈多王朝时期，大乘佛教在吸收婆罗门教和当时新兴的怛特罗密教咒语、手印、宗教仪规和瑜伽术身体训练方法的基础上，创造了一套极富神秘主义色彩的宗教实践方式，就是密宗，在波罗王朝时达到极盛。它采取师徒秘密传授制度，要得到上师的入坛灌顶，受法修行直至最终成为有传法资格的阿阇梨。唐朝时期由善无畏、金刚智和不空三藏将胎藏界和金刚界密法传入中国称为唐密，它可分成三个部分，就是杂部，纯部，瑜伽部。相对于密乘，日本弘法大师空海，把密教和大乘佛教的理论部分称之为“显乘”。最后产生的“无上瑜伽密教”于西藏佛教前弘期传入其中。
而后来，出现了秘密大乘佛教，或称“金刚乘”或者“密乘”。由于密教和婆罗门改良后的印度教界限的混同，甚至流行主要尊崇婆罗门诸神，称作佛菩萨的权化，而不再把佛菩萨作为主尊，再加上印度的僧人们受到性力派外道影响，开始提倡欢喜法。[55]即为欢喜法。而后的密宗行者愈来愈逐渐怛特罗化、性力派化，根本与佛教的原始理论几乎完全不合，也无法竞争到原本的婆罗门信徒，便注定了佛教在印度可有可无的命运。
向外传播
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印度尼西亚东爪哇的般若佛母像
大乘佛教在兴起以后很快向外传播，一度成为中亚地区的主要宗教，即所谓的北传佛教。北传佛教主要由北方经丝绸之路向中亚、中国、朝鲜半岛以及日本等地传播的佛教流传称为北传佛教，形成北传佛教，其经典多以梵文为主、少数为中亚文字和中文。
公元前后的古印度，正是口颂佛经书面化的时代。几乎同时代中国开始的佛典翻译事业，是以皇室官方组织，严谨制度下的书面系统翻译。随着汉明帝打开官方迎请佛教的大门，随后数百年间，天竺、西域与中原各地传经、取经之高僧络绎不绝，鸠摩罗什、法显、真谛等，都是通宗通教，具足神通的证果圣者。到了唐朝的玄奘法师遍参天竺数十国取经，并在大小乘各派均取得最高成就圆满归唐后，著《成唯识论》，印度佛教各派主要经典之后都渐翻译到了汉地。此时的东土汉传佛教，各大宗派纷纷成熟，高僧辈出，更有菩提达摩教外别传至六祖惠能著《坛经》，从教理研释证悟到民间百姓的广泛传弘，大乘佛教在中国的实践与隋唐盛世交相辉映。世界佛教的中心也渐转移到了中国，并进而传播影响到朝鲜半岛、日本、越南、西藏等地。而印度佛教此后则日趋没落而消亡了。目前，中国翻译收集的佛教典藏是最全面、系统和完整的。
另一个方向上，晚些时候，大乘佛教混合了怛特罗派咒法传入尼泊尔、西藏境内，和当地的苯教信仰相结合，形成了显密并重的藏传佛教。西藏的佛教始于松赞干布时期由毗俱底公主自尼泊尔和唐朝文成公主自中国传入。在赤松德赞时期，印度佛教僧侣寂护将随瑜伽行自续派传入西藏，并请莲花生大士来到西藏，制服了本地原始苯教，逐渐建立了密教的基础。后在朗达玛灭佛破坏后重新振兴，并逐渐形成了宁玛派、萨迦派、噶举派、噶当派、格鲁派、觉囊派等各派的传承。在宗喀巴大师创格鲁派，成为藏传佛教的主流后，他的门徒们在西藏出现了政教合一特殊局面，并有达赖、班禅两位政教合一的活佛开始统治西藏。13世纪，开始流传于蒙古地区，至今，蒙古族、土族、裕固族等民族，仍多信奉藏传佛教。藏传佛教属于大乘的金刚乘（也有学者认为金刚乘应该独立于大乘或小乘），显教、密法同修。近现代，藏传佛教逐渐流传到世界各地。